El Estado Mayor lo forman los 5 generales y almirantes a cargo de las 5 ramas de los militares de los Estados Unidos. En 1962, esos hombres eran George Decker (Ejército), David Shoup (Marines), George Anderson, Jr. (Navy), Curtis LeMay (Fuerza Aérea), y Edwin Rolando (Guardacostas), junto con algunos otros, todos bajo la presidencia por Lyman Lemnitzer (Ejército). Todo el consejo de los jefes del Estado Mayor Conjunto propuso, redactó y aprobó un plan para inventar un casus belli para la guerra contra Cuba comunista bajo Fidel Castro. Su motivación colectiva era reducir la constante amenaza de la invasión comunista en el hemisferio occidental, por la Doctrina Monroe.
La doctrina Monroe es una declaración estadounidense de principios, que proclama la no intromisión de EE.UU. en los asuntos europeos, y no permite la de ningún estado europeo en los asuntos americanos ni la creación de colonias en América (“América para los americanos"). Pronunciada por el presidente J. Monroe el 2 de diciembre de1823, por iniciativa del ministro de Asuntos Exteriores J. Q .Adams. La doctrina Monroe debía detener una posible intervención europea contra los países latinoamericanos en lucha por su independencia, y un posible avance de los rusos de Alaska. Supuso al mismo tiempo un intento de protección de EE.UU. y una exigencia de intervención en América Latina, practicada después con frecuencia.
Este plan se llamó la Operación Northwoods, y supuso la crueldad más imposiblemente indiferente jamás imaginada por un gobierno contra su propio pueblo. Con el fin de influir en la opinión pública a favor de la guerra, el Estado Mayor en conjunto planeó bombardear las zonas de alto tránsito peatonal en las principales ciudades de Estados Unidos: incluyendo Miami, Nueva York, Washington, DC, y, posiblemente, Chicago y Los Ángeles; para enmarcar a los ciudadanos de EE.UU. para estos atentados se dispararía a civiles inocentes y desarmados en las calles a la vista de cientos de testigos.
Los cinco generales de la Operación Northwoods
No sólo todos los miembros del Estado Mayor Conjunto firmaron su aprobación de este plan, sino que luego lo enviaron al Secretario de Defensa Robert McNamara, para su aprobación, y luego al presidente Kennedy. McNamara afirmó años más tarde que nunca lo habría visto, pero que de haberlo hecho lo habría rechazado. Kennedy, sin embargo, la recibió, y rápidamente llamó a una reunión al Estado Mayor Conjunto, en el que amenazó con palabras soeces graves a la corte marcial. El Presidente puede ordenar al Congreso arrestar a los jefes del Estado Mayor. Kennedy decidió que haría lo que hiciera falta para preservar el honor dentro del Estado Mayor... Expulsó Lemnitzer de su cargo como Presidente y le reasignó como Comandante Supremo Aliado en Europa, una degradación a ojos del degradado.
Los teóricos de la conspiración afirman que los militares pueden haber tenido algo que ver en el asesinato de Kennedy, debido a que su reprensión creo ampollas en el Estado Mayor. Esto, sin embargo, sigue sin comprobarse.